./engine/ajax/upload.php
./engine/inc/files.php

Открываем файл ./engine/ajax/upload.php,
Ищем код (в оригинальном файле 145 и 146 строка):

и удаляем его!

Далее ищем (в оригинальном файле 158 строка):

$image_name = totranslit( implode( ".", $img_name_arr ) ) . "." . $type;

И заменяем на:

$image_name = totranslit( implode( ".", $img_name_arr ) );

$file_prefix = '';
$number = '';

while ( file_exists( $config_path_image_upload . $image_name . $number . '.' . $type ) ) {
    $number = $number+1;
}

$image_name =  $image_name . $number . '.' . $type;

Далее ищем (уже только в файле ./engine/inc/files.php):

if( $serverfile == '' ) {

И перед этим кодом вставляем:

$img_name_arr = explode( ".", $image_name );
$type = end( $img_name_arr );
$curr_key = key( $img_name_arr );
unset( $img_name_arr[$curr_key] );
$image_name = implode( ".", $img_name_arr );
$file_prefix = '';
$number = '';
while ( file_exists( ROOT_DIR . "/uploads/files/" . $image_name . $number . '.' . $type ) ) {
    $number = $number+1;
}
$image_name =  $image_name . $number . '.' . $type;

В файле ./engine/inc/files.php проделываем все то же самое!